计算机工程学院办学历史可追溯至1994年成立的计算机科学系，2009年12月正式定名为计算机工程学院，2025年校生物信息研究所加入学院，并成立人工智能学院，与计算机工程学院合署。学院现为江苏省计算机科学教育专业自学考试本科段主考单位，江苏省普通高校对口单招计算机类联合考试指导委员会主任单位，全国职教师资培训重点建设基地。历经近三十载积淀与发展，学院已成为区域内信息技术领域人才培养、科技创新及社会服务的重要支撑阵地。

学院现有计算机科学与技术“十四五”江苏省重点学科，设有电子信息专业学位硕士授权点，涵盖人工智能、生物信息等研究方向。本科专业设有人工智能、软件工程、计算机科学与技术、数字媒体技术、数据科学与大数据技术、网络工程。其中，软件工程专业入选国家一流本科专业建设点、江苏省产教融合型品牌专业、江苏省特色专业及省级卓越工程师教育培养计划2.0立项专业；计算机科学与技术专业获批江苏省一流本科专业建设点、江苏省特色专业。

学院现有教育部高等学校虚拟仿真教学创新实验室、江苏省高校重点（建设）实验室、中国轻工业智能信息处理重点实验室、常州市高技术研究重点实验室等科研平台，组建2个校级科技创新团队，科研方向聚焦人工智能、信息安全等关键领域，形成稳定且具竞争力的研究体系。

近五年，主持国家自然科学基金、江苏省自然科学基金等纵向项目20余项，发表高水平论文100余篇。授权国家发明专利40余项；获市厅级以上科研奖励10余项，其中“面向智能制造的成套电气设备生产管控与企业数据安全技术研究及应用”“视频监控数据中事件检测与知识发现系统研究与应用”等成果先后荣获中国发明协会二等奖。

学院现有在编教职工110人，其中正高职称12人、副高职称31人，具有博士学位教师47人，江苏省“六大人才高峰”“青蓝工程”等省级人才11人。学院坚持以人才培养为根本任务，持续深化教育教学改革。近五年，获省级教学成果奖3项，主持教学质量工程项目及教学研究与改革项目40余项。指导省级以上大学生实践创新训练计划项目20余项，学院学生在省级以上大学生学科竞赛中屡获佳绩，先后获得“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛“揭榜挂帅”擂台赛新一代信息技术领域主擂台赛全国一等奖、全国大学生数字媒体科技作品及创意竞赛国赛一等奖、全国大学生信息安全与对抗技术竞赛一等奖，累计获国家级奖项100余项。通过开设“智信科创班”、每年举办大学生科技创新文化节等举措，强化学生创新精神与实践能力培养。学子升学与就业质量成效显著，近五年，300余名学生考取硕士研究生，录取院校包括浙江大学、南京大学、复旦大学等国内顶尖高校，部分学生赴悉尼大学、新南威尔士大学等海外知名高校深造；学生平均就业率稳定在97%以上。

学院深化产教融合、校企合作，构建协同育人新格局。学院建有省级实验教学示范中心——信息工程实践教育中心，下设32个专业实验室，实验教学面积4152平方米，形成“通用、专项、集成、岗位”四级能力递进式实践教学体系。

学院建有生物信息与医药工程研究团队，团队现有教授(研究员)3人，副教授(副研究员)4人。近五年，团队成员主持国家自然科学基金、江苏省自然科学基金等纵向项目20余项。团队以计算模拟和人工智能导向的先导化合物发现与蛋白质设计作为研究目标，进行创新药物开发和蛋白质分子设计。多次参加由美国与欧洲生物信息中心发起的国际生物大分子结构预测竞赛（CASP&CAPRI），排名位居国际前列。在2022年举办的CASP15比赛中，获得了蛋白质-Ligand赛道冠军。

作为国家级和省级计算机类职教师资培训基地，学院承担了教育部援非项目埃塞俄比亚职业学校骨干教师培训，教育部、信息产业部、劳动与社会保障部、江苏省、福建省、山东省、吉林省、重庆市中、高等职业院校专业带头人和骨干教师的国家级、省级培训，常熟市、南通市、常州市中小学教师教育信息化培训项目，累计参训人次达到2000多人次。